Unternehmen, die Waren von Deutschland in Drittländer exportieren, können diese unter den Voraussetzungen des § 6 Umsatzsteuergesetz (UStG) als Ausfuhrlieferung steuerfrei abrechnen. Die Ausfuhr muss buchmäßig und anhand geeigneter Belege (Ausfuhrnachweis: Ausfuhrbestätigung der Grenzzollstelle, Versendungsbelege oder sonstiger handelsüblicher Beleg) nachgewiesen werden, das bestimmt sich nach § 6 Abs. 4 UStG und §§ 8 bis 12 Umsatzsteuerdurchführungsverordnung (UStDV).
Bis zum 30. Juni 2009 war die Abgabe der Ausfuhranmeldung in Papierform der Regelfall. Die schriftliche Ausfuhranmeldung bestand aus den Exemplaren 1, 2 und 3 des Einheitspapiers. Exemplar 1 verblieb bei der Ausfuhrzollstelle, Exemplar 2 war für statistische Zwecke vorgesehen und ging an das Statistische Bundesamt. Exemplar 3 begleitete die Ware zur Ausgangszollstelle und auf dessen Rückseite erfolgte in der Regel die Ausfuhrbestätigung durch Dienststempelabdruck der Ausgangszollstelle.
Seit 1. Juli 2009 besteht EU-einheitlich die Pflicht, Exporte über ein elektronisches Ausfuhrverfahren abzuwickeln. In Deutschland steht hierfür das IT-System ATLAS-Ausfuhr zur Verfügung. Die Pflicht zur Abgabe elektronischer Anmeldungen betrifft alle Anmeldungen unabhängig vom Beförderungsweg (Straße, Luft-, See-, Post- und Bahnverkehr). Ausnahmen sind nur in absoluten Einzelfällen, zum Beispiel bei einem Systemausfall oder bei Ausfuhren mit mündlicher oder konkludenter Anmeldung in Fällen von geringer wirtschaftlicher Bedeutung beziehungsweise bei Anmeldungen bis zu einem Warenwert von 1.000 Euro, möglich.
In den Fällen, in denen die Ausfuhranmeldung mittels ATLAS auf elektronischem Weg erfolgt, übersendet die Ausfuhrzollstelle dem Anmelder/Ausführer zur Erledigung des Ausfuhrverfahrens einen elektronischen „Ausgangsvermerk“ per EDIFACT-Nachricht als pdf-Dokument. Der „Ausgangsvermerk“ gilt als Ausfuhrnachweis für Umsatzsteuerzwecke. Im Falle unerledigter Ausfuhrverfahren leitet der Zoll ein automatisiertes Nachforschungsverfahren ein. Hierbei wird der Anmelder/Ausführer aufgefordert, den Verbleib der Ware aufzuklären. Sofern der Ausfuhrvorgang weder verwaltungsintern noch durch den Anmelder/Ausführer geklärt werden kann, wird die ursprüngliche Ausfuhranmeldung für ungültig erklärt. Kann der Anmelder/Ausführer einen Alternativnachweis, zum Beispiel Einfuhrverzollungsbelege aus dem Drittland oder Spediteursbescheinigungen, vorlegen, erstellt die Ausfuhrzollstelle einen sogenannten „Alternativ-Ausgangsvermerk“. In diesem Fall gilt der „Alternativ-Ausgangsvermerk“ als Ausfuhrnachweis für Umsatzsteuerzwecke.
Wenn in Versendungsfällen die genannte Nachweisführung über den Ausgangsvermerk oder Alternativausgangsvermerk nicht möglich oder zumutbar ist, kann die Ausfuhr durch einen vom Auftraggeber des Frachtführers unterschriebenen Frachtbrief, Konossement, Posteinlieferungsschein oder deren Doppelstücke geführt werden. Daneben ist die Nachweisführung durch die bewährte Spediteursbescheinigung möglich. Seit Änderung der Umsatzsteuer-Durchführungsverordnung zum 1. Januar 2012 mit verpflichtender Anwendung ab 1. April 2012 muss das Dokument (Spediteursbescheinigung, Frachtbrief, ...) zusätzlich die Versendungsbezugsnummer (MRN) der Ausfuhranmeldung enthalten.
Weitere Details zu den Nachweisen seit Einführung des Ausfuhrverfahren ATLAS enthält der unter der Meldung abrufbare Umsatzsteuer-Anwendungserlass des Bundesfinanzministeriums (Abschnitte 6.5 – 6.10).